История поликлиники начинается с 1981 года, когда в новом здании на Грохольском переулке разместилась Центральная поликлиника Четвертого Главного Управления при Минздраве России.

  Лечебные учреждения системы Кремлевской медицины всегда отвечали самым высоким требованиям. Правительственные поликлиники комплектовались лучшими кадрами, самым современным оборудованием, привлекали к работе консультантов из числа ведущих ученых-медиков. В коллективе сотрудников создавались и совершенствовались традиции чуткого отношения к пациентам и добросовестного выполнения врачебного долга. С 1994 года поликлиника входила в состав Медицинского центра Управления делами Президента Российской Федерации, а с 2005 года стала самостоятельной структурой в системе Главного Медицинского Управления УД Президента РФ. В разные годы поликлинику возглавляли видные организаторы здравоохранения: В.Н. Круткина, Г.И. Апухтин, Э.С. Головнев, А.Т. Арутюнов, И.В. Удотов, М.Н. Окоемов.

По итогам конкурса, проведенного в 2008 году, поликлиника награждена дипломом Совета по присуждению премий Правительства РФ в области качества.

С декабря 2009 года Главным врачом ФГБУ "Поликлиника №3" УД Президента РФ является доктор медицинских наук, профессор  Елена Ивановна Шарапова.

В ноябре 2011 года наше учреждение отметило  30 -летний юбилей со дня его основания. Нам есть чем гордиться: высокий профессионализм, дух коллегиальности, творческая атмосфера делают поликлинику динамично развивающейся и перспективной структурой правительственной медицины, а чуткое и доброжелательное отношение пациентам способствуют повышению ее рейтинга, как среди прикрепленного основного контингента, так и среди партнеров по добровольному медицинскому страхованию.

   За 30 лет работы нашего лечебно-профилактического учреждения накоплен богатый опыт организационных форм поликлинического обслуживания, внедрены инновационные методы диагностики, лечения и реабилитации . Последние 20 лет мы успешно сотрудничаем с крупнейшими страховыми компаниями, обслуживаем коммерческих пациентов, оказываем платные медицинские услуги.

   В настоящее время у нас работают 5 докторов медицинских наук, 45 кандидатов медицинских наук, 6 заслуженных врачей РФ. Большинство врачей и среднего медицинского персонала имеют высшую и первую квалификационные категории.